Построенный в 14 веке, храм был восстановлен в 1804 году по распоряжению Османского Султан Селима III и перестроен в 1868 году, что привнесло некоторые изменения в первоначальный облик сооружения. Здесь же находится мавзолей самого Султана Эмира, именем которого и названа мечеть.

Мечеть Султан Эмир и мавзолей стоят на противоположных сторонах большого двора с бассейном у входа. Султан Эмир, известный также как Семседдин Мехмед Али, некогда был магом и дервишем из Бухары, а после свадьбы с дочерью султана Баезида I стал его личным астрологом. Попасть во внутренний двор можно через Восточный и Западный порталы, украшенные заостренными деревянными арками. Мечеть и мавзолей окружены множеством фонтанов, построенных в 14-18 веках.

Причиной изменений в архитектуре мечети стало землетрясение в 1855 году, в результате которого пострадала большая часть сооружения. Реконструкция в начале 19 века была лишь временной мерой, позволившей храму продержаться до начала масштабной реконструкции в 1868 году. В настоящее время Мечеть Султан Эмир является одним из любимых мест паломничества турецких мусульман.